Zmiana przezroczystości menu

Plik custom.css, linia 362:
background: rgba(0, 0, 0, .6);

Czyli masz ustawiony kolor tła #000 z kryciem 0.6. Jeśli chcesz się jej pozbyć i mieć czarne tło to wystarczy zmienić tę linię na:
background: rgb(0,0,0);