robots.txt dla instancji w podfolderze

Witam
Mam taką sytuacje że mam na jednej instancji WordPressa i w podfolderze /sklep mam drugą instancje (Woo) przeznaczoną stricte do obsługi sklepu (jest zresztą podlinkowana z menu głownego nadrzędnej instancji).
Układ taki powstał bo szablon użyty do samej strony jest bardzo piękny i bardzo customowy a kontakt z twórcą się urwał. Niestety próba uzycia go do WooCommerce to megadramat – jest tyle ręcznych zmian w css że wkręca sie to we wszystkie doinstalowywane szablony.
Można tam zrobić wszystkie „systemowe” rzeczy ale wszystko związane z wyświetlaniem elementów to wiatr w oczy.
Wiec stąd czysta instancja pod sklep.
Sklep zasadniczo teraz jest priorytetem. Bo niby na stronie „pierwotnej” jest jeszcze katalog produktów tylko pan zapomniał nam przekazać jak uzupełniać w nim produkty.

No i powstała kwestia indeksowania tego i zgłoszenia się w Google – tzn głównie generowanie SITEMAP i pliku robots.txt
Czy robic to dla każdej instancji oddzielnie czy tylko w nadrzędnej czy też jest na to jakiś inny zalecany sposób?