htaccess zmienia się sam

Mam problem z htaccessem i jednocześnie z przyjaznymi linkami. Wprowadzam skrypt do przyjaznych i po odświeżeniu strony generujemy i samodzielnie stary skrypt (tym samym wywala mi linki). Próbowałem już ze zmianami atrybutów na 444, 644,666, 660 nic nie działa!

Macie pomysł jak to naprawić? Mój htaccess wygląda tak:

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /galeria/
RewriteRule ^index.php$ – [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /galeria/index.php [L]
<IfModule>

Po odświeżeniu znikają linijki RewriteBase /galeria/ i RewriteRule . /galeria/index.php [L] – to znaczy brak słów „galeria”.

Co robić?