Choć Leonardo był zaangażowany w realizację tak ogromnego przedsięwzięcia i tak rozległe studia, jego umysł nie wydawał się być nimi tak całkowicie pochłonięty ani zaabsorbowany, by uniemożliwić mu jednoczesne zajęcie się innymi sprawami. Książę, pragnąc ozdobić Mediolan przykładami swego kunsztu malarskiego, zlecił mu namalowanie w refektarzu klasztoru dominikanów Santa Maria delle Gratie w tym mieście obrazu, którego tematem miała być Ostatnia Wieczerza. O tym obrazie opowiada się, że Leonardo był tak pod wrażeniem powagi tematu i tak bardzo pragnął odpowiedzieć na wzniosłe idee, jakie w sobie wyrobił, że jego postępy były bardzo powolne i że spędzał wiele czasu na medytacji i rozmyślaniach, podczas których praca najwyraźniej utknęła w martwym punkcie.